Nama sekolah St. Michael diambil sempena nama Gereja St. Michael yang terletak berdekatan dengan sekolah ini. Nama itu digunakan sebab pengasas sekolah iaitu Rev. William Henry Elton merupakan seorang paderi yang ditugaskan di gereja tersebut.

Gereja St. Michael merupakan sebuah gereja yang tertua di Sandakan dan masih digunakan sehingga kini.